Při intervalovém tréninku není důležitá pouze vlastní zátěž, ale i pauzy mezi úseky. Pracovat můžeme nejen s jejich délkou, ale roli hraje i fakt, jestli se zcela zastavíme, nebo pouze přejdeme do klusu.
Zdálo by se logické, že mezi opakovanými sprinty bude lepší se zcela zastavit, zatímco delší tempové intervaly je efektivnější prokládat klusem. Tak jednoznačné to ale není.
Před dvěma lety byl publikován výzkum, v rámci kterého absolvovali cyklisté 6x 30 s maximální rychlostí. Ukázalo se, že když mezi jednotlivými úseky zastavili, podávali mnohem lepší výkon ve 2. sprintu, při aktivní pauze (volná jízda) se však zlepšil jejich výkon v 5. a 6. sprintu. Vyrovnaný výkon tedy snáze udrželi, pokud „motor zůstal v chodu“.
Na délce záleží
Podle dalších výzkumů však závisí i na délce pauzy. Pokud jde o intervaly s vysokou intenzitou zátěže, je v případě kratšího odpočinku (25–50 s) výhodnější pauza pasivní, zatímco při odpočinku nad 100 s vychází efektivněji klus. Mezi delší intervaly nižší intenzitou, jako je třeba 6x 1 km v tempu desítky, je pak vhodnější vkládat kratší pauzy v podobě volného klusu. Lépe totiž kopírují fyziologické zatížení v průběhu závodu a efektivněji rozvíjejí speciální vytrvalost.
U žádného intervalu však nejde striktně říci, že jeden typ odpočinku je vždy lepší. I k pauze je při tvorbě tréninkového plánu třeba přistupovat stejně tvořivě jako k zátěži a dávkovat ji přesně na míru konkrétního běžce.
Následující tabulka představuje možné dávkování odpočinku při různých intervalech.
| Interval | Tempo běhu | Aktivní odpočinek | Pasivní odpočinek |
| 6x 1 km v tempu desítky | 3:20 | 200 m klusu | 60 s |
| 5x 1 km v tempu pětky | 3:12 | 200 m klusu | 90 s |
| 4x 1 km v tempu trojky | 3:02 | 400 m klusu | 180 s |